一、建國啤酒廠的文化價值
       從保存文化資產人士的視角與立場而言，建國啤酒廠既是啤酒生產的工業遺址，這些留存至今日的酒廠廠房，反映著日本時代「殖產興業政策」的發展脈絡，其存在也見證了臺灣北部鐵路史的興衰，同時亦是將臺灣推向工業化的產物之一，肩負著1920年代迄今的歷史記憶和歷久不變的釀酒技術，擁有無法取代的歷史記憶，希望它能夠維持完整的樣子和能動性，持續在當代繼續創造與書寫它的故事。

       但是如果變成北科大校地後，由於廠區生產線的連貫性，既有生產線的路徑會被分割，各項程序的連動關係勢必會受到影響，使啤酒廠的生產難以正常運作，例如建國啤酒廠內的電力設施和鍋爐等都處在即將被分割給北科大的古蹟區，屆時可能就無法維持運作與生產，而推動多年的啤酒文化園區亦會因為失去完整性而無法將釀造啤酒過程整體性的呈現給遊客。

       日本名古屋大學的副教授澤田康之，也為建國啤酒廠撰寫了請願書，呼籲對建國啤酒廠的土地活化問題應三思而後行。請願書中從建築物、學習場域、作為日本啤酒公司的親善基地的觀點出發，表明希望建國啤酒廠可以作為臺日友好的象徵，期望保留其原狀，能共享歷史價值同時促進兩國之間的關係。

二、行政程序的合法性質疑
       就法律層面而言，於都市變更案中，中央越過地方政府逕行變更土地的處理方式確實有疑慮之處，除了是否符合「重大建設」啟動的急切與必要性還有待商榷，而依據《文化資產保存法》第35條，古蹟變更需要徵求主管機關的同意，然內政部也並未提供相關計畫書回應文化局，於程序上亦不正當。

三、新建設用途的疑慮
       台灣歷史資源經理學會副秘書長黃俊達則指出，北科大並未對建國啤酒廠即將變更為校地的土地如何運用進行說明，且實際上因為古蹟占地1.1公頃，能夠使用的地區約只有0.6公頃，被懷疑是否只是為了擴大校地的容積率。再者，北科大有許多大樓並未實際運用在教育一途，如忠孝東路上的億光大樓僅作為商業用途，外租給廠商而未開放給學生使用，亦被民間團體點出質疑。

｜公眾聲音與政府回應
        2024年4月16日內政部國土管理署在對都市計畫案進行審議時，有許多相關人士與地方居民到廠外進行抗議，表達反對意見。
面對建國啤酒廠變更為北科大校地而引發的種種爭議下，國土署最後未通過該案，決議彙整各界意見，並組成專案小組進行討論後再具體提出合理方案。