在早期，北磺溪順流而下直接注入磺港。這個天然的河口港雖便於船隻停泊，卻隱含著兩個致命的先天缺陷，最終迫使人為治理介入進行河港分流。首先是泥沙淤積：上游陡峭地形在暴雨時挾帶大量土石，使得港口需頻繁清淤，否則漁船將面臨擱淺危機。其次，是更為隱性卻棘手的硫磺腐蝕：源自火山區域的溪水富含硫磺與酸性物質。當這些溪水長期滯留在港區，會加速腐蝕漁船的船底金屬與輪機設備，大幅增加了漁民保養船隻的成本與難度。為了保全磺港的機能與漁民生計，治理策略採取了果斷的截彎取直工程。將北磺溪原本蜿蜒漫流的河道強制拉直、固定，讓這條帶有酸性與泥沙的溪水能以最快速度過門而不入，直接排入東海。這項工程成功解決了港口的淤塞與腐蝕問題，但也埋下了新的環境課題。